项目经理与部门主管的职责
前面已经提到采用矩阵式组织结构时，由于项目导向（横向）的指挥系统，与功能导向（纵向）的指挥系统同时存在，人员必须同时向两个老板报告时，很容易造成困扰。所以必须明确产品开发过程中，项目主管与功能部门主管的角色。
基于我们的规划，原则上参与项目的人员必须同时向项目经理及部门主管（副总）报告。在新产品开发的项目期间，人员必须每天向项目经理报告工作状况及进度；另一方面依据人员的职级，以定期会议的方式与部门主管及其他人员互动，在会议中人员可以针对新产品开发过程中遇到的困难，请求协助或提供意见。
项目经理在新产品开发项目结束，必须依据每个项目成员的表现执行绩效考核，并将考核的结果交给部门主管。部门主管要针对每个部属整理各项目经理的考核意见，并召开该部门的年度绩效考核会议，以决定人员是否升迁及调薪幅度。
项目经理与部门主管如果对于他们两位各自扮演的角色、责任范围、分工方式不够清楚或缺乏共识，在矩阵式组织结构下，有时可能会发生管理上的冲突。因此我们建议该公司采用以下的原则以免可能造成角色混淆的情形：
1、项目经理的职责
——拥有特定的专业及管理技能；
——负责规划个别项目的时程、预算、生产组件以及拟定工作计划；
——负责整个项目工作的推动、进度掌控、问题排除；
——提出个别项目的人力需求；
——参与资源分配会议，与部门主管及首席运营官（COO）依据人员的技能及工作负担，决定人力的部署及调配；
——负责为每个项目协调横跨各功能部门的作业活动；
——负责依据工作计划，掌控每天项目工作执行的情形。
2、功能性部门主管的职责
——负责管理所属部门的人员；
——负责人员的训练计划，针对公司的发展方向及个人需求培养适当的技能；
——负责要求人员的工作纪律，并在需要时予以惩戒；
——负责规划部门发展的策略方向；
——负责提升部门的运作效率；
——对于部属在项目中遭遇到的困难，提供意见并协助解决；
——负责各项与项目无关的事务；
——参与资源分配会议，与部门主管及首席运营官（COO）依据人员的技能及工作负担，决定人力的部署及调配。
整合性新产品开发架构
早在1990年代，Arthur Andersen即已预见研发项目的需求，提出了整合性新产品开发架构（Holistic New Product Development Structure）。此架构综合客户需求及市场环境、公司策略、管理购面、开发流程等议题，协助客户迎接新产品开发运作及管理上的挑战。
整个架构从客户需求及市场环境出发，企业必须针对这两个项目，进行调查、研究、与分析，籍以拟定公司的发展方向和策略目标以及下个阶段产品开发的策略和重点，并决定产品组合以及重要的新产品项目。然后在公司现行文化、人员、信息系统、绩效衡量的基础上，执行各项新产品开发项目（Stage—Gate Development Process）。
就整合性新产品架构的观念而言，建立一个有效的新产品开发流程，可以为企业带来以下效益：
●达到清楚的沟通；
●可重复执行；
●提前实现新的产品概念；
●建立知识库；
●增加人员的工作成就；
●避免阻碍创造力；
●在时间及预算范围内完成产品开发工作；
●做好质量控制，减少重复作业；
●加速人员的成长与学习；
●减少部门间的冲突；
●有利于文件及产品发行的管理。
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