在合同的签订和履行过程中，围绕工程质量、工期、价款三大核心问题，建筑施工企业常常遇到工期延误、发包人故意拖延不结算等合同风险。
风险一：施工图、洽商资料等收集、保管不力，丢失而导致的结算风险
在《建设工程施工合同》履行过程中，承包人一定要派专员负责收集、保管发包人、监理工程师发来的有关工程洽商、变更的文件、协议、通知等书面资料和施工图纸，因为，这些都视为备案合同的组成部分和补充。否则，将会增大承包人工程款的结算风险。
例如，某大型施工企业，为北京某房地产开发公司建造一幢30层的高档商品住宅，双方签订了书面的施工合同。竣工结算产生纠纷，施工企业认为：原合同 1400元每平方包干，现在严重亏损，因为原来是粗装修。施工过程中，开发公司不断提高装饰部分的设计标准，成品是精装修，所以要按1900元每平方结算。开发公司认为：原合同承包价就是精装修，不存在从粗装修变更为精装修的重大变更，部分小的变更是有的，因此，拒绝大幅度调价。本案的关键之一是建筑企业要拿出签订承包合同时的施工图，来证明在签订合同时施工范围是粗装，现在竣工是精装。但是，施工企业称：当初的施工图在施工中已自然磨损了，现在手中没有；开发公司却称：当初的设计与现在的竣工图是一致的，而且我方没有提交施工图的义务。承包人律师到政府相关部门调取施工图时，得到的答复却是：由于该工程性质是民资，所以备案时要求不严，资料上交不全，施工图未存。由此导致该施工企业至今未能解决该工程的结算纠纷。
防范对策：承包人应派专人、负责收集、保管与施工相关的所有图纸，设计变更资料、洽商文件、会议纪要、通知等，一切由发包人和监理工程师签发的来往手续，均应妥善保管，以防丢失。因为，这些都是维护承包人合法权益的重要证据。
风险二：发包人派驻施工场地履行合同的代表、监理工程师频繁变动的风险
由于《建设工程施工合同》履行期限长、双方来往手续多等合同本身的特点，在合同的履行过程中，原备案合同中注明的发包人派驻施工现场履行合同的代表、以及监理工程师，中途往往发生人员变动。上述人员变动时，发包人往往仅口头通知承包人。当竣工结算产生纠纷时，承包人手持仅有个人签名而无发包人或监理单位盖章的文件，要求增加工程款或要求工期顺延时，却遭发包人的刁难拒绝。此时，举证责任就转移到承包人，承包人要举证证明在相关文件上的签名者，系发包人所派的现场代表，或系监理单位新派的监理工程师，否则，该文件的有效性不能确认。此节势必增加了承包人的举证难度，导致承包人的合法利益往往受损。据笔者所知，标的越大的建筑工程，特别是发包人系开发公司的情形，上述人员的变动频率越高。
防范对策：化解此风险的对策很简单，即在发包人派驻工地代表人员每次变动时，承包人应及时向对方索要《人员变动通知书》，并要求对方加盖单位印章。
风险三：工期延误的风险
工期延误，往往是发包人对付承包人企图少付、拖付工程款的惯用手段。《建设工程施工合同》示范文本通用条款第13.1条规定，因7种原因之一造成工期延误的，经工程师确认，工期相应顺延。其中“发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行”，工期应顺延。但该条在实践中往往发生争议。
如：江苏某公司给北京某开发公司施工一幢商住综合楼。中途，承包人主张：开发公司多次不及时支付进度款，致使无法施工，遂停工。发包人主张：施工企业多报已完成工程量，属多报进度款，我们当然要审核扣减。争议的焦点变成，究竟是施工企业多报当月已完成工程量，还是开发公司拖延支付进度款？众所周知，施工进程是一个变动的动态过程，承包人在日后纠纷时