审计机关与工程造价咨询企业是两个不同行业，两者的法律依据、法律地位、行业性质、工作目的、业务范围、从业人员等都不相同。
一、法律依据不同
审计机关对竣工决算审计依据《审计法》和国家审计署发布的《基本建设竣工决算审计工作要求》等相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查概《预》算在执行中是否超支，超支原因，有无隐匿资金，隐瞒或截留基建收入和投资资金执行情况等。
工程造价咨询主要是根据《建筑法》和国家财政部、建设部联合颁发的《建设工程价款结算暂行办法》等国家有关法规和政策，依据国家建设行政主客部门颁发的工程定额、工程量消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，对工程造价进行确定的控制。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证，由工程造价咨询企业作业符合施工实际的竣工决算审核，作为承发包双方结算的依据。
二、法律地位不同
审计机关和被审计单位是一种行政法律关系，审计机关对项目法人的审计是强制性的，审计机关对项目法人在工程建设中出现的违反基本建设程序、财政法规等行为，可以责令其改正或进行处罚。
工程造价咨询企业作为建筑市场的民事主体之一，与建设单位、施工单位一样，有着同样的法律地位，三者彼此之间的法律关系为典型的平权关系。在这种法律关系中，当事人之间的法律地位平等，彼此没有隶属关系。工程造价咨询企业与建设单位的关系中，其独立的民事主体地位决定了与建设单位的关系，主要体现在独立意识的表示上，双方平等的地位使其保持独立的法律基础，而独立是客观公正的保证。在与施工单位的关系中，双方平等的地位是做到客观公正审核的基础。反过来，客观公正的审核结果是双方平等地位的体现。
三、行业性质不同
审计是由独立的机构和人员检查被审计单位的会计凭证、会计帐本、会计报表以及其他与财政收支、财务收支有关资料的资产，监督财政收支、财务收支是否真实、合法和有效的行为。审计的目的是对国有投资者资金进行有效的控制，减少投资者滥用职权截留资金，转移资金，造成建设资金流失。其职能是一种监督行为。
工程造价咨询是运用科学、技术原理和经济法律手段，解决工程建设活动中工程造价的确定与控制，从而达到提高投资效益的目的，是控制和确定工程造价的过程和行为。工程造价咨询企业与建设单位是委托与被委托、服务与被服务的合同关系。
四、审计的政府职能和工程造价咨询资质的许可
《审计法》第二十二条规定：审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，进行审计监督。《中华人民共和国审计法实施条例》第二条规定：审计是审计机关依法独立检查被审计单位的会计凭证、会计帐簿、会计报表以及其他与财政收支、财务收支有关的资料和资产，监督财政收支、财务收支真实、合法和有效行为。
建设部于2006年2月22日颁发的第149号令《工程造价咨询企业管理办法》明确规定，只有依法取得工程造价咨询资质，方可以从事工程造价的审核工作，工程造价审核报告（或者工程预结算审核报告）必须由国家注册造价工程师签章，并加盖所在工程造价咨询机构的公章。也就是说，工程价款结算审核必须是取得工程造价咨询企业资质的中介组织进行，审核成果文件必须经国家注册造价工程师签字盖章。
五、业务范围不同
审计部门对政府投资项目中基建审计内容包括：
1、竣工决算编制依据；
2、项目建设及概（预）算执行情况；
3、建设成本；
4、交付使用资产；
5、尾工工程；
6、结余资金；
7、基建收入；
8、投资包工结余；
9、投资效益评价。