名为“万科”，并担任董事长兼总经理。
出人意料的是，在资产明确当天，时年37岁的王石主动放弃自己个人拥有的股权，选择做公司的职业经理人。
王石对此一直很自信。“之所以放弃资产，我觉得这是我自信心的表现，我选择了做一名职业经理人，不用通过股权控制这个公司，我仍然有能力管理好它。”
“就算让我做100次选择，我100次都会选放弃。”王石向《中国新闻周刊》直言，“也正是我选择了放弃，人生才有后面那么多精彩的经历。”
在当时股权改制的浪潮下，创始人放弃股份的万科成为市场上的“异类”——一个奉行混合所有制的企业，并由大型国企控股。
王石对这一点想得很清楚：“我给自己赚能力、赚荣誉，给国家赚钱。”
另一方面，王石对资本家、暴发户形象的厌恶仍然深植于内心。
“我不希望自己有暴发户这样的形象。”王石坦言，“在1980年代，突然很有钱是一件很危险的事情。当你拥有很多钱的时候，钱对你意味着什么？你对钱采取什么态度？相比于盲目拥有，我选择了远离。”
三十多年过去，王石不是没有想过持有那些股权的结果。
与财富一起放弃的，还有掌控大权。在1988年所做出的这个选择，注定了王石最终离开的结局。在其后的29年里，他与万科，有一场漫长的告别。
1999年，王石辞去万科总经理一职，担任董事长。他将这个决定的思考，归于去“人治”，强“制度”。
对于万科，王石始终希望用现代企业制度进行管理。这其中，最关键的“要法治还是要人治”的问题，而落实到王石这个创始人身上，一个重要问题，就是如何限制自己的权力。
“要建立一个伟大的企业，一定要强调制度建设，弱化人治的约束。”王石对《中国新闻周刊》说，“企业的制度建设和文化传承，不能以一个强人为左右。一旦这个强人离开了怎么办？”
在万科的管理文化中，“不行贿”是王石始终主张并坚持的一条底线。而在外界的猜测中，这条底线得以捍卫的原因，是王石有一个身居广东省委高官的前岳父。
“外界有这样的看法不奇怪，但这与事实不符。”王石告诉《中国新闻周刊》，“如果我是靠的特权，为什么只能拿到郊区的地，价格又比别人贵很多？”
王石自称，前岳父熟悉深圳特区的背景，对自己的创业有正面影响。但他同时强调，前岳父为官廉洁，对子女严格，“相比农村和普通家庭出身的创业者，我显然有非常大的优势。但什么都是双刃剑，在占据优势的同时，我也需要付出比别人更多的努力”。
在50岁来临之前，王石交出了自己的管理大权。他选择相信自己建立起来的制度和团队，并将自己的精力投入经营企业之外的更多领域。
2017年6月，66岁的王石正式宣布从万科退休。这种渐进式的退出，让万科能够在创始人离开之后，仍然保持平稳的发展。
离开万科两年，王石并不避谈对郁亮团队的评价。“这两年郁亮及团队的表现，远远超出我的预期。”
“我的成功就是万科不再需要我的时候。”王石对《中国新闻周刊》如是说，“我也希望，聚光灯多给郁亮，多给万科团队的其他高管。”
“己所欲，亦勿施于人”
从辞任总经理，到正式退休之前的十几年，是王石与万科共同面对危机最多的一段时光。
2007年底，基于对市场变化的判断，万科决定将2008年的计划开工量缩减