易受到成本效益的挑战，尤其是人员常常抱怨连很琐碎的作业都要填写申请表单，或是作业申请复核程序太长，不但缺乏时效性，而且增加人员工作负担。
然而就新产品开发作业而言，由于流程远比其他循环复杂，需要许多支持单位协助以及许多跨部门协调工作，而且作业错误会直接影响产品质量及时程，例如线路设计人员使用的机构图的版本如果不正确，将导致整个线路设计必须重做，项目人员如果未确实产生相关资料，研发人员将找不到某个零件在之前的产品上使用的情形，而未获得核准的设计变更，更可以造成产品功能与客户需求不相符。
此外新产品开发作业的特性是，愈晚发现错误，修正时所需的成本就愈高，因而在研发流程上设立的大部分控制措施，就单一研发项目而言，不见得会增加人员工作负担（因为事前检查防范，总比事后发现错误再投入人力修改要来得好），反而能通过减少错误发生次数，提高研发人员工作效能并缩短时程，1980年代美研究机构曾针对大型制造业研发流程进行调查，发现研发人员的工作中，有将近50%是重复别人曾经做过的事，或是因为流程错误而重做，所以对企业整体而言，若能发挥内部控制综合效用，对于研发部门效率提升会有很大的帮助。
“研发项目管理”已说明，企业如果想做好研发管理，除了建立项目管理机制外，还必须建立内控内稽制度以配合，否则无法确保项目管理机制是否确实获得遵循并发挥效益，就研发流程而言，必须针对每一个项目管理重要作业项目，建立控制点，并设计适当控制措施以及内部稽核工业定期检查程序，如此才能协助管理者确保各项研发工作正确且及时完成。
另一方面，由于新产品开发作业特性，研发流程不像财会流程，大部分控制机制可通过ERP系统功能予以解决，而是除了配合PLM系统功能外，还系统在人工操作流程上设立适当控制点及控制措施，并定期检查人员遵循情形，难度上会比较高。
项目目标
MT是一家半导体设备制造公司，作者受邀协助该公司导入PDM相关信自己，并提供流程、管理方面的顾问服务，项目主要目标为：
* 弄清现行新产品开发流程，指出现行流程中存在的现象及问题；
* 针对发现在流程问题，设立控制机制；
* 设计理想的新产品开发流程，并导入电子化工作流程系统；
* 汇整所有研发数据及文件、理清信息流并将数据及文件予以适当分类；
* 设计文件与数据管理机制，并导入图文管理系统。
整体而言MT公司研流程相当明确而单纯，整个流程从接至客户验收，可区分为产品设计、采购与组装、测试、交货四个阶段，产品设计开发是与制造作业结合在一起，一共有设计、电控、资材、组立、品质管理等五个部门单位参与，每个单位职责说明如下：
* 研发主管：负责确认客户需求及产品规格，并评估产品价格及决定是否接单；
* 设计单位：负责机台的机构设计；
* 电控单位：负责机台的电控箱及电控软件设计；
* 资材部门：负责采购零件以及委外加工作业；
* 品管部门：负责检查采购进来的零件与委外加工部分，并协助整个机台的测试作业；
* 组立单位：负责组装机台。
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