研发机构最为集中的三个区域，这一现象的出现证实了该趋势的存在。区域之间创新能力的差异过大，将危害区域创新体系整体功能的提升。
第二，进一步加大区域创新能力的分化。北京、上海和广东具有不同的创新特点。这里仍借用中国科技发展战略研究小组对中国区域创新能力的评价结果进行分析。该小组将区域创新能力分解为知识创造、知识获取、企业创新、创新环境和创新绩效五种能力。北京的创新优势主要表现为雄厚的基础研究力量和较好的创新支撑环境，最明显的劣势是知识获取能力和企业创新能力相对较弱；上海的优势是各种能力较为均衡，其中尤以知识获取能力、企业创新和创新绩效最为突出；广东的创新能力居全国第三位，其企业创新能力、创新环境和创新绩效都较好，而由于创新资源不足导致的知识创造能力不强则是其最大的劣势。跨国公司在这三个省市设立的研发机构也具有不同的特点。从数量上看，跨国公司研发机构的区域分布状况是北京41％，上海35％，广东9％。从行业分布看，北京的跨国公司研发中心多以I1r业为主；汽车、化工业是上海100多家跨国公司研发中心的重头，比重超过50％；在广东的跨国公司研发机构则基本聚焦在IT和电子业。从研发机构的性质看，跨国公司在北京的研发机构中从事基础研究的占相当比例，而在广东的研发机构则主要从事应用研究。跨国公司在华研发机构的布局状况与三个省市创新能力的特点和产业基础具有一致性：在北京设立研发机构是看重其雄厚的基础研究能力和出色的IT人才资源；在上海和广东设立研发机构则看重的是其强大的制造能力，其分布领域同这两个省市的优势产业一致。可见，跨国公司研发机构的进入，使区域原有优势得到进一步强化，从而扩大区域之间的分化，损害其综合发展能力。
第三，改变区域创新体系的结构和功能。按照《中国区域创新能力分析报告(2005～2006)》提供的数据，我国目前的区域创新体系基本上呈金字塔形结构，即少数创新能力强的区域位于塔尖，大部分创新能力一般的区域构成宽大的塔基。跨国公司研发机构在少数创新能力很强区域的集聚及其间接导致的研发资源向这些区域的集聚，将使原来具有一般创新能力的区域由于研发资源的流失而沦落为创新能力低的区域，从而出现一般创新能力区域萎缩，而创新能力高的区域和创新能力低的区域膨胀的现象，形成哑铃形结构。区域创新体系结构的变化还会影响到其功能的发挥。在金字塔形结构中，创新能力高的区域的创新可以通过接触扩散和等级扩散，向创新能力一般的区域扩散，经过创新能力一般的区域对所接受的技术的改进，向创新能力低的区域扩散，从而较为方便地实现创新的梯度转移，同时，创新能力高的区域产生的创新的市场价值在扩散的过程中得以实现，创新的投入得到经济回报。在哑铃形结构中，由于技术差距过大，创新能力高的区域同创新能力低的区域之间的技术扩散较为困难，前者将更多地同跨国公司研发网络之间发生知识流动，而不利于通过技术扩散带动国内创新能力弱的区域提高技术水平。
4应对跨国公司研发全球化的区域创新政策调整思路
鉴于跨国公司研发全球化对中国区域创新体系建设带来的挑战，有必要对当前的区域创新政策进行调整，从而既充分利用跨国公司研发全球化带来的机遇，又尽可能地减少其造成的负面影响。
首先，正确认识跨国公司在华研发机构的地位和作用，将其纳入我国的区域创新体系，充分发挥其节点作用，扩大其溢出效应。跨国公司研发机构是区域创新体系与跨国公司研发网络接合的节点，具有作用。针对跨国公司研发机构的政策之着重点在于促进跨国公司研发机构与本土创新主体的互动，将其根植入区域创新体系，从而真正发挥其溢出效应。