因为，专用性资产投入后必然存在“准租”，即交易者实际可获收入与该资产次优收入的差。例如，A企业和B企业由于各有某项对方看中的优势而结成R&D联盟，A投入专用性资产，年总收入50万元，年可变成本25万元，若A与其它企业交易，年收入最高为30万元。经过计算得出，A与B交易收入为50-25=25万元，A与其它企业交易收入为30-25=5万元，从而准租为25-5=20万元，这就可能导致AB企业的争执。因为A投入资产后由于资产的专用性A对B依赖性高，B会借口价格太高要求降价。当然如果B对A存在依赖性，A也可以以成本提高等为理由要求涨价。由于采用法律手段费用极高，它们往往会进行重新谈判，此时准租成为二者争夺的焦点。从这里可以看出，在R&D联盟中专用性资产一旦投入，企业间可能由相互合作转为相互防范，进而以损失专用性资产的高效率为代价。
二是组织间的适应性问题。组织的适应性包括组织间的一致性和互补性。组织间的相似性越低，互补性就越大。资源的互补性是形成长期联盟契约的重要保证。联盟各方只有将各自不同的资源带入联盟体，经过融合，产生协同效应，联盟才有意义。因此，企业在联盟时都对联盟的互补性提出了要求，而对导致组织间不一致性的某些因素却无法避免，比如文化的冲突。在结成R&D战略联盟时，不同的文化背景有可能引起联盟双方的冲突。以中国与美国企业的联盟体为例，美国人总是用过于简单化的西方式行为理论解释中国人的行为，而忽视了中国人行为的复杂多面性，从而导致双方在共同管理中的障碍，降低因为互补性资源的投入所增加的价值。
有效R&D战略联盟的策略
避免“联盟近视症”。一方面，在选择联盟伙伴时避免近视：另一方面，要以战略式联盟为目标。中国企业与外国企业结成R&D战略联盟既要许重联盟的结果，更不能忽视联盟的过程。在R&D战略联盟过程中，通过学习，加强中国企业在国际市场上的竞争优势。当然，一个非学习导向的企业很难从合作关系中增加自己的价值。所以中国高新技术企业在R&D战略联盟时，一定要牢记这样的目标，否则一旦患上“联盟近视症”，可能不但达不到目的，还会在联盟中失去自己。
避免技术依赖。中国高新技术企业与发达国家的大多数跨国公司相比，只能算是中小企业。在与这些跨国公司结成R&D战略联盟时，可能处于技术劣势地位。通常情况下，在联盟过程中如果不强化技术地位，处于技术劣势一方就会被处于技术优势一方所熔化，技术劣势一方会越来越依赖于另一方，进而失去自己原有的核心技术。因此，中国高新技术企业在联盟中尤其要避免技术依赖。
我们来看一下一家美国公司的经验。在这家从事移动通信设备生产和销售的美国公司与一家日本公司建立的R&D战略联盟中，美国公司从一开始就决定要增强自己的核心技能。为此，该公司指派专人与日本公司交往，明确交待不得将技术泄露给合作伙伴，并严格规定了可以讨论的信息范围。与此同时，该公司明确告知其工程师和管理人员，要他们在访问合作伙伴工厂时留心观察与倾听。公司由此学到了质量控制和生产设计方面的新技术和技能，并应用到公司中去。而且，这家美国公司还在生产和研发上加大投资，以便与日本伙伴在技术上保持同步，避免对伙伴的过分依赖。
促进联盟企业间的沟通交流。在技术联盟中。当经理们被问到什么对联盟的成功最重要时，他们异口同声地回答。信任和自由、开放的交流。事实的确如此。顺畅的双向交流是成功解决冲突的关键。因为这种坦诚而开放的交流，有助于双方建立信任。而信任能够有效减少合作伙伴的机会主义行为，信任