在以下几个方面的问题：
1 研发项目管理方面的问题
(1)对研发活动及研发项目的理解不足。许多企业单纯的从字面上理解研发活动及研发项目，对研发活动与研发项目认识不清，使得研发的范围人为地缩小。
事实上，按照研发活动的相关定义以及国家财政部和国家税务总局发布的[1996]财工字4l号《关于促进企业技术进步有关财务税收问题的通知》文件和《关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》 (财税[2006]88号)文件精神，企业从事新产品、新技术、新工艺的开发活动属于研发，而且在技改技措以及消化吸收活动当中，那些自己参与设计开发的活动也属于研发活动的范畴。
(2)研发项目的立项管理薄弱。很多企业把研发活动作为日常的工作任务进行，没有以研发项目的形式开展，也就使得企业的会计核算系统无法对研发经费进行核算；还有一些企业虽然以项目的形式开展研发活动，但是研发项目缺乏规范的项目立项任务书，没有充分体现出这些项目的内容、进度安排、所用到的设备及人员、预算等。特别是对于研发经费预算来说，如果企业研发项目缺乏经费预算或者预算不够科学，就很难支持研发项目的规范化管理，也不利于研发项目管理中的经费控制管理。
同时，研发项目立项书缺乏统一管理。虽然很多企业也设立了科技管理部门，但是并没有履行研发项目书的统一管理职责，使得企业的研发项目管理过于分散，不利于企业研发的整体规划设计。
(3)研发项目缺乏有效的过程监控。在实践中，一般是由企业的科技管理部门负责组织实施对企业研发项目的过程监控。但是由于制度设计的原因，企业的科技管理部门缺乏对于研究部门或研发人员的约束力，使得科技管理部门实施研发项目的过程监控无法得到研发部门或研发人员的支持和配合，最终使得过程监控流于形式。
2 研发经费核算方面的问题
(1)对研发经费的内涵认识不清。企业技术中心或研发中心相关人员、财务相关人员及企业研发系统的其他相关人员，对研发经费的概念与内涵认识不全面、不深刻，财务部门仅仅将研发经费的范围界定在技术中心或研发中心发生的费用，对企业来说，只要用于研究开发的费用，就可以一次进入或分摊(折旧)进入研发经费，而不管经费的来源。因此，为了统一研发部门与财务部门对研发经费的认识，需要科学合理的研发经费界定规范，该规范需要解决的主要问题就是研发经费的内涵，即明确什么样的费用才是研发经费。
(2)研发经费核算体系不规范。由于对技术开发经费核算的范围认识不够全面，虽然一些企业财务部门会计科目下设置有“研发支出”科目，要么没有明细科目。要么明细科目设置非常简单，不利于研发经费的全成本核算。
研发活动作为一种具有系统性的活动，不仅仅涉及研发机构，也会涉及到一些其它部门的研究开发活动，因此首先应对研发经费的核算范围进行确定．然后按照核算内容进行明细的科目设置。这样在以后的研发经费的核算工作中，就更加合理，更加规范，更加方便。
3 其他方面的问题
(1)企业领导未给予足够重视。从整体来看，我国企业已成为研发主体，包括研发投入主体和研发产出主体。但是，在从政府作为研发主体到企业作为研发主体的转变过程中，企业领导关于研发重要性观念的转变也是需要—个过程的。
(2)部门隔阂严重，缺乏有效沟通。许多企业在申报研发经费时，经常出现这样一种状况；研发部门的人员认为自己确实进行了研发活动，研发经费的统计是财务部门的事情；而财务部门则认为自己只是依据凭证进行费用的核算，研发经费没有在财务系统中核算完全是研发部门的事情，这样的结果是两个部门相互扯皮，使得研发经费统计工作的开展困难重重。
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