项目制组织管理框架内，这种良性的循环关系是无法实现的。
产品研发阶段性与人工成本的矛盾。复杂产品研发具有明显的阶段性特征。这种阶段性体现为两个方面：一是产品整体研发的阶段性。复杂产品是一种用户定制型的大投入资本性产品，需要投入的人力相对一般产品大得多。由于用户决定产品的研发制造时间，因而产品研发不可能在时间上均匀安排，任务集中和任务空白是常态。二是专业上的阶段性，研发过程中，并不是所有专业在所有阶段都有任务，对于一个特定专业，一般只会在研发过程的某一阶段任务比较集中，其他时间工作量很少。
研发任务时间上的严重不平衡，导致人力资源规划的两难问题：如果按照任务高峰需求规划人力资源，必然造成任务低谷时的人力资源严重浪费，成本的加大人力资源的使用成本;如果按照平均任务量规划，在任务量高于平均值时，人力资源无法满足任务需要，只能放弃部分订单。因此，妥善处理好产品研发阶段性与人工成本的矛盾，是复杂产品研发组织必须解决的重要课题。
产品研发阶段性与人工成本的矛盾，还表现在合理使用人力资源问题上。复杂产品的研发，在不同的阶段对研发人员的能力、技能要求明显不同。在概念设计和系统方案设计阶段，要求研发人员理论功底深厚、知识面宽、具有丰富的研发经验，而在系统方案完成后的详细工程设计阶段，由于已经有比较完整的系统方案的指导和约束，设计工作的难度和研发人员自由发挥的自由度，相对系统方案阶段要小得多，因此对参与此阶段的研发人员的要求比较低，一般只要具备必要的理论知识和一定的工程设计经验，熟练掌握设计工具即可满足要求。显然，使用一般技术人员参与概念和系统设计，不能保证设计的质量和水平，而使用高素质的人员参与详细工程设计，又大材小用，同样造成人力资源的浪费。
产品研发总目标与研发主体利益的矛盾。复杂产品研发的参与主体是技术人员或由技术人员组成的利益团体，包括自然人、企业内部团队、联盟企业、用户等。按照经济人假设，人在做出任何选择时都有最大化自身利益的倾向，自然，在这里也不例外。由于技术分工，技术主体对本职业范围内知识和信息的掌握了解程度高于任何其他角色，也就是说，在技术分工的条件下，大量存在明显的主体之间的信息不对称关系。任何一项产品开发或创新，都存在各种风险，风险在技术主体间的分布随技术方案和技术指标的不同而不同，换句话说，技术主体对技术方案和技术指标的选择将直接影响其应承担的风险;另外，不同的技术方案和技术指标还直接影响技术主体的工作量和工作业绩，从而影响其获益。因此，技术主体在产品开发创新过程中，当需要就本专业做技术选择时，一般会选择对自己来说风险小、工作量和技术难度小的方案，多数情况是选择已经使用过的方案，并在技术指标的确定上讨价还价，而这样的选择对于整体来说一般不是最优，对于知识创新乃至技术能力成长具有严重的负面影响。
二、复杂产品研发组织管理模式
建立以专业组织为依托的项目制组织。专业组织类似于职能组织，也就是将复杂产品研发涉及的技术进行梳理，按技术相同相近原则组成一个个专业部门，每个专业部门对本专业的技术能力积累和提高负责，对应专业的技术人员纳入该专业部门，并被作为该部门的常任人员进行管理。项目制组织依然是临时性的组织，该组织的存在周期与项目的研制周期一致。所谓以专业组织为依托的项目制组织，就是，项目组人员来自专业部门，技术支持也由专业部门负责，同时，产品研发过程形成的经验和知识由专业部门责成派出人员进行总结、整理、传递。在项目工作的各个阶段，各相关专业的部门分别按照项目对人员数量、专业、能力的要求委派人员进入项目组，工作