是给外资研发的知识溢出和技术扩散设置了制度性屏障，从制度上取得了在华技术控制的战略制高点，在最大程度上封死技术向中国企业扩散的渠道。可以说，跨国公司虽然把研发机构和研发活动转移到中国市场，却比以往任何时候都更注意控制技术和封堵知识外溢渠道。这无疑会造成国内企业技术转化、消化和吸引方面的困难，技术溢出的效果也会大打折扣，极不利于我国企业自主创新能力的发展。
3.跨国公司在华研发竭力压制国内竞争对手，抑制内资机构自主创新的积极性。
为了永保其技术垄断地位，跨国公司在华研发竭尽全力排挤和打压国内每一个竞争对手，要么使国内对手的技术发展进程永远跟不上跨国公司的技术发展步伐，要么彻底摧毁和打击其技术创新能力，从而抑制国内企业自主创新的积极性甚至丧失研发能力。例如，跨国公司通过对中国汽车技术的控制，每当我国某一车型国产化率达到90%左右时便迅速推出新的车型，新车的国产化又得从头再来，以致我国的汽车工业陷入“引进、国产化、落后，再引进、再国产化、再落后”的恶性循环，使我国汽车技术永远要依赖跨国公司。所以跨国公司能够凭借技术、品牌、规模的先发优势，不断降低利润空间，使本国企业进行自主技术研发时，这项技术要么利润很少，要么已经淘汰，从而放弃研发，始终处于竞争的劣势。又如，近年来，许多跨国公司对我国民族企业中的一些佼佼者虎视眈眈，通过合资、参股、股权稀释以及并购等多种手段消灭竞争对手，使其完全丧失研发能力，进而达到控制该行业的目的。比如，我国油泵油嘴行业的龙头企业江苏无锡威孚就是被德国博世公司通过先参股，后增股，再占多股，最终被并购的，我国油泵油嘴业的自主研发平台也因此而遭受重创，整个行业前景堪忧。
在跨国公司研发机构进入之前，国内企业一般还都保持有一定的研发机构和技术创新能力，但在外资研发机构进入之后，由于在与跨国公司的技术创新竞争中不具有竞争优势，一些国内企业往往会选择放弃自主技术研发的努力，从而转向购买跨国公司的成熟技术。中科院科技政策与管理科学研究所的研究结果显示，我国企业内设的专职研究开发机构数量已连续八年减少，2003年大中型工业企业的专职研究开发机构数与1995年相比，已减少了近一半，拥有专职研发机构的企业所占比重已从1993年的63.4%下降为2003年的24.9%，首次低于25%。而一旦放弃自主研发，国内企业实际上只能成为跨国公司纯粹的加工车间或跑单员，将会形成对跨国公司技术供给的过分依赖，从而丧失企业技术创新积累和自主创新能力，最终沦为跨国公司的技术附庸。
4.跨国公司在华研发加剧了人才的境内流失，占用了我国自主创新的宝贵资源。
跨国公司到海外设立研发机构的重要动机之一是充分利用全球研发资源，以降低企业的研发成本。跨国公司在东道国的研发活动必然要占用东道国大量的研发资源，降低本国企业的研发资源的可得性。跨国公司在华研发机构的设立，用比国内企业高得多的工资条件和工作条件吸引了大批国内大学、研究机构、国有企业的骨干，虽然减少了国内人才流向国外，但也加剧了人才流失的国内化倾向，国内科研人才更多的是向跨国公司在华研发机构“单向流动”，而很少能“反向流动”，对国内高层次的科技创新人才产生所谓的“割韭菜”效应。国家人事部一项研究表明，在华外资企业很多研发机构都拥有强大的研发团队。朗讯下属的贝尔实验室拥有科研人员5000多人，其中具有博士、硕士学位的达96%;微软中国研究院的60多名研究人员中，20名有国外留学背景，40名是中国著名学府的博士;IBM公司中国研究中心的60多名研究人员全部具有硕士或博士学位。
因此，从这个意义上来说，跨国公司在华研