所具有的特殊性，因而研发项目的组合管理也存在一定的难点。其主要表现：一是，研发或技术开发项目组合可能与经济最优化应用以及终端用户/客户无关。这就可能使得研发和客户双方产生理解的差异（技术性太强），以及优先顺序的差异（终端用户忙于解决当前的运营问题），造成无为的矛盾；二是，研发项目的结果不可预测，因此会产生不以项目方式规划和管理研发的诱惑；三是，某些研发项目的技术特性使得非专业人员难以评估项目的进程或下一步计划的价值，研发人员受训处理技术细节，但可能项目组合管理和项目管理知识有限，不应不合时宜地扰乱他们承担的技术责任；四是，信息和知识是连贯形成的，因而在所有股东间合理地分享信息可能是耗费时间并且价格昂贵的。这样，一系列相关项目在不同地点进行，促进信息及时的共享能够减少重复工作和无效的努力。
为解决研发项目组合管理存在的上述难点，可以采取如下对策：
一是，使结果尽可能落在可预测的范围之内。所有项目在任何情况下，都可以按照预定的时间表至少确立一个中期目标，项目应按这样的目标和时间表加以管理，在可能结束项目或指向不同方向的关键决策点之后的项目规划不应该制作的过于详细。如果项目有较强的不可预测性，项目管理不可能保证获得预想的结果，这时项目管理应确保目标是清晰的，所有努力是方向明确的，目标的获得是节约成本的，结论得到记录，并在股东间得以恰当的分享；
二是，应组建有资历的专家组和相应人员的组合，在一致及时的基础上评估技术路线和价值；三是，选派研发项目管理人员，给予适当的培训和协调一致的管理方式，以实施项目组合与项目管理类服务；四是，研发项目经理应使用项目管理工具 (例如 MS Project)以确保适时和目标明确，通过坚持报告里程碑式的关键事件完成的及时性和完整性，来强调进行中程序测量的重要性。
研发项目的组合管理可以给予我们一些启示。从方法论的角度来说, 研发项目组合及其管理可以构筑在通用项目组合及项目管理的基础之上。要想获得项目组合及项目管理的成功:首先是要有明确与适宜的管理目标，其次是积极与踏实的管理行动。另外，避免关键决策点之后制定过细的规划，并且需要在整个组织中建立标准的项目组合及项目管理方法，为各个层次的参与者提供恰当的培训。但无论如何，项目组合管理作为一种全新的管理模式，将帮助企业在面临众多研发项目而资源有限的情况下，组织管理好多个项目，通过多个项目目标的实现以确保企业战略目标的实现。
目前我国的研发项目管理还一直停留在一种孤立的、隔离的传统管理方式上，既无法保证研发项目之间的有机联系，更无法保证研发项目与企业的战略目标相连。即使有些研发部门采用了系统的项目管理思想，其范围也很有限，只是停留在单个研发项目的水平上，即以独立的研发项目为基础的分散式项目管理，而
通过运用项目组合管理的基本理论，结合研发项目的实际操作经验，在实践中创新管理理念和模式。将所有研发项目视为一个整体进行管理，不能有效的处理与现有业务直接有关的，不利于企业整体水平上优化资源，而且在企业水平上与未来发展密切相关的重要活动。