我们都知道项目的定义是独特的、一次性的、临时性产生独特成果的工作，从这个属性就可知道，项目过程会存在诸多的调整，比如，临时性代表团队成员在项目结束后即要解散等，如果项目经理是第一次接受跨组织的项目，那更应该理解项目可能会遇到的问题。
挑战1临时性团队
项目启动，需要组建临时性团队，团队来自不同的单位或者组织，项目经理没有权限直接调配，需要通过协调沟通来选择团队成员，而且团队成员是否合适？是否与项目在实施过程中需要的技能相匹配？尤其在多项目的管理环境下，团队成员会同时负责多个项目，他不仅负责你的项目，而且还负责其他几个项目，此种情况下，如何管理好团队成员分配好时间？都是项目经理需要考虑的问题。
挑战2永远无法精确的项目估算
项目是独特的，这就注定有很多活动和以前是不同的，即使类似，也无法做到完全一样。项目经理在组织估算时，会把以前的项目作为参照，设定一定的边界条件，这些边界条件也只能是估计。在项目执行过程中，出现的估算偏差就会带来问题，导致进度受阻。
挑战3组织问题
因为是跨组织组成的项目团队，项目经理的权力就会被削弱，尤其在弱矩阵的组织形式下，项目经理无法从行政角度上对团队成员进行直接干预，在具体项目实施过程中，无法快速对团队成员进行调配，甚至出现与团队成员所在单位冲突等问题。
挑战4项目沟通
无论是项目经理与团队成员，还是团队成员之间，都会存在沟通障碍，这种障碍来源于团队成员所在组织的利益出发点不同。沟通的障碍会导致工作无法快速实施，信息断层及更严重的权力争斗等。