一般要产生费用，如果没有资金保障，矛盾和纷争难以解决。一种是确实因为自身责任问题产生的矛盾纷争，必须支出进行补救或赔偿的，才能够消除和化解;一种是未能确定责任主体，需要借助其它工具手段或第三方来认定的，也需要暂时为鉴定付出代价，比如项目验收时需聘请第三方评估机构，如果没有资金预留很难执行。这两种情况一般会从风险预算中支出。有一些建设单位(甲方)由于缺乏项目管理经验，在建设初期忽视了这份风险预算，那只能选择成本低的谈判方式，但这种单一方式有时并不能有效地解决问题，而是陷入了无休止的谈判僵局。
减少软件项目纷争的一个关键步骤是合同中拟定的验收约定。项目矛盾纷争在短兵相接的验收阶段集中爆发，如果对该阶段事先拟定详细、清晰、平等的约定，是避免项目验收纷争的关键。目前的建设市场是买方市场，甲方占强势地位，验收是其制约项目的 “sha手锏”。如果在合同签订之时，同时约束了该“sha手锏”随意的权力，不致于因双方地位失衡而产生纷争，不利于项目验收阶段的顺利进行。
再有，条款的约定应平等公正，甲乙双方的权力和义务必须对等，对事情的处理必须公正公平。比如，甲乙双方对聘请的验收专家都有质疑的权力，可以请第三方公正的质量评估机构参与;对乙方逾期未能完工的处罚，当然是甲方接受完工申请后未能及时组织验收的也应处罚等等。
要约束甲乙双方权利的主观随意性，必须在验收约定中，条款应尽可能详细清晰，具有可操作性。应该避免诸如“大问题不可验收”、“小缺陷可以验收”“部分验收”“其它”等模糊描述，而是应明确定义好何谓“大问题”、“小缺陷”“部分”等具体规定，如“大问题”包括1234567种情形直至可操作为止。有必要的话，还可以制定系统验收评价指标体系，给能够预知成果和风险设定分值和权重，这样大大减少因主观认识发生的误差。
减少软件项目纷争的一个最有力手段是及时良好的沟通。为了达到及时沟通，最好甲乙双方等项目干系人组合成立一个PMO(项目管理办公室)，定期举行项目实施会议，依据制定好的时间基线和质量基线实时监督项目进度、质量等目标的实现，发现机会或偏差、认真查找问题、立即采取利用或补救措施，化解矛盾纷争，或扼杀矛盾纷争于萌芽之中。
合同一旦签订，甲乙双方就是“同一战壕的战士”，为的是项目成功这一共同目标。项目发生矛盾和困难不可避免，但如果双方能够相互理解、充分沟通、精诚协作，问题是可以解决的。如果只顾自身利益，不懂得合作与妥协，只能两败俱伤。