和一般工程企业相比，有其自身优势但受技术更新程度、IT项目特殊化和其资源的限制，往往使得这些因素给多项目管理的实施带来更突出的影响。这些因素将集中表现在：
（1）项目管理组织结构与企业项目运作的适应程度。
管理层批准了项目后，企业就要面临项目管理组织结构的选择，企业可以选择传统的职能型组织、独立的项目团队或某种形式的矩阵结构，但事实上是：即便结构相同的企业，项目管理方式也会存在很大的差异，归根到底也是组织文化的差异，它对项目组织结构将产生直接的影响。
另外，大多数IT企业将研发、销售和财务等专业人才分配到不同部门，这种自然的归类所形成的工作方式、习惯、规范和价值观将会阻碍不同职能领域的“整合”。这种潜伏的障碍给项目提出一个难题：项目管理权威在等级结构中如何确定并使之合法。
随着项目管理方式的变化，组织生活激烈的重构，IT企业还会将项目工作中的重要部分外包出去，面临“虚拟管理”问题。而且IT企业中关键性部门的经理或对企业利润有着直接影响的人能对另外一个并非他们直接负责的部门的运作和决策制定并实施显著的影响，这些将明显增加企业项目组织结构选择的难度。
（2）小项目大问题
日益增加的竞争使得顾客满意程度自身得到一种溢价，客户提出的特定需求往往需要企业迎合其定制的产品和服务，从而有更多的职能人员扮演着项目经理的角色。这些项目的并行实施面临的最大困难就是多项目管理组织环境（Multi-project management）的建立以及对支持组织战略的小项目进行优化排序的组合过程。然而令企业管理者感到困惑的是：小项目不会占用稀缺资源或资金，各项目对企业利润贡献价值又不大，但实行的结果往往是管理的低效率，企业的整体利润不见增长，然而客户的满意度要求又不得不需要项目经理把项目维持下去。这种小项目反映出来的大问题在IT企业中显得尤为突出，当然这在其他行业中也是普遍存在的。
（3）多项目管理中的协调问题
在多项目环境中，企业对项目进行管理的总体目标是所有项目的共同成功而非个别项目的成功。但遗憾的是每一个项目经理都会倾向于选择对自己项目有利的行为，使自己项目得到高层最大的支持，从而获取较高的资源优先级别。一旦各个项目间的协调沟通不畅，将会出现以下最常见的问题：全面性的进度滑坡，一个项目的延迟造成其它项目的连锁反应；资源利用效率低，出现不和谐的波峰和波谷；关键资源“瓶颈”使多个项目实施耽误。
每个企业的资源有限，这是不争的事实，所以即便是一个能力非常强的项目经理也会使想尽办法使项目受高层领导特别关注，这样会比较容易争取到最好、最多的资源，从而能谋求到项目利益的最大化。但它同时也造成了其它项目资源短缺或资金来源受阻，导致进度延迟，也极大的损害了它项目团队和项目经理的积极性。
另外，IT企业部门边界的模糊很容易导致利益的冲突和部门之间相互扯皮，从而导致效率低下。较好的做法是各自找到一个利益的均衡点，但这种旧平衡的破坏和新均衡的形成一方面使组织周而复始的处于超常态的变化中，迫使项目成员在职能命令和项目命令选择时左右为难，另一方面使项目经理花费更多的时间精力来指挥协调各职能部门为其项目服务，甚至还会出现因项目经理权限无法介入的尴尬局面。
（4）人本意识控制力度
IT企业的产业结构调整、软件开发技术的升级，都需要有掌握相关知识的员工，尤其是那些掌握关键知识的员工在IT企业中显得更为重要。但事实上是这些企业大多面临着高知识员工的短缺问题，而核心员工的去留很大程度上却决定着企业的生存和发展。归结到多项目管理环境